月经总不干净的原因有很多。比较常见的原因是妇科疾病，如子宫肌瘤和子宫内膜炎等。此外还有一些系统性疾病会导致出血，如血小板减少症和血液疾病。如果月经出血过多且持续时间过长而得不到及时治疗，可能会导致长期大量失血并增加骨盆感染的可能性。如果情况特别严重，应去医院定期检查。