没有看到你的病历，根据你的描述，目前月经未按时来，跟吃治疗衣原体的药物应该影响不大，建议你及时就诊，排除怀孕，平时不知道你的月经周期如何，有没有月经不调，这些都要你过来就诊详细了解后处理！