眼皮的扁平疣最好的治疗方法是通过电离子微创手术治疗来去除，因为用药一般比较刺激难以达到效果而且不容易好转。电离子治疗可根除扁平疣且不容易留下瘢痕，但是你是否可以做这种治疗需要你来医院面诊一次才能帮你确诊治疗。