三联疗法主要是应用ppi制剂，加上胶体铋剂，在此基础上加上两种抗生素的三联疗法。研究表明在这些方案中以ppi为基础的方案能够通过抑制胃酸分泌，提高口服抗生素的抗菌活性，从而提高根除率；ppi本身具有快速缓解症状和促进溃疡愈合的作用，因此是临床最常用的方案。而其中以ppi加克拉霉素再加阿莫西林或甲硝唑的方案清除胃溃疡幽门螺杆菌的根除率最高。