支气管镜肺泡灌洗的危害可能会导致双侧肺部感染，也可能会导致癌细胞出现转移，还有可能会导致呼吸道出现反复的感染等危害出现。支气管肺泡灌洗属于一种有创的检查，通常是不会轻易做的。需要做该项目检查的患者建议到公立医院进行，且最好是在经验较丰富的医生下进行操作。