电磁波治疗仪的副作用，它对于皮肤的软组织会有一定的危害，这主要是由于电磁波会产生热量，过度就会烧伤局部的皮肤。如果对安装了心脏起搏器的人使用，电磁波就会影响心脏的起搏器，导致患者出现心脏起搏器功能异常。而且对于有凝血功能障碍的患者，容易导致皮下毛细血管破裂出血。