骨头疼和软组织疼的区别是身体部位不同，引起的病因也有所不同。通常情况下骨头本身不会出现疼痛，如果发生软组织疼痛会使周围的骨头受到牵拉导致骨头疼痛的症状发生。而软组织疼是由于身体受外力作用的挤压或者撞击所引起的疼痛。另外如果患有风湿类的疾病也会引起骨头疼痛。