比较严重的情况会对智力造成影响，也会影响运动反应迟钝，身体控制不住的抖动，听力受损，少数病人可发生脑积水，颅神经受损麻痹：如耳聋，视力障碍，斜视、面神经瘫痪等，相应部位脑缺血和梗死。病毒性脑炎大部分患儿可以完全恢复，不用担心留下遗症。