一般不是特别痛苦，因为在进行胃食管射频手术的时候，需要注射麻醉药物，因此在手术的过程中并不会感觉到疼痛感，但是在麻醉药物过后可能会伴有疼痛感。胃食管射频手术通常对于反流性食管炎可以起到较好的治疗效果，但是也需要选择正规的大型医院，并且在手术后还要注意饮食清淡。