霉菌性食管炎的治疗，首先是使用食管胃肠黏膜保护剂以及抑制胃酸分泌的药物，同时也需要使用抗真菌感染的药物，但是要避免滥用抗生素，否则有可能会导致患者霉菌性食管炎的症状加重，不利于疾病的恢复。临床当中可以选用的药物有两性霉素以及雷贝拉唑肠溶胶囊或者西米替丁片等。