如果在正规的医院，做肠镜是不会感染传染疾病的，因为在做肠镜时，用的工具和仪器都是通过严格消毒的，可以直接切掉传染源，所以不会有感染传染疾病发生。但是如果在不正规的医疗机构做肠镜检查，可能会出现消毒时不严格，在这种情况下会感染传染疾病，比如乙肝病毒和尖锐湿疣以及艾滋病等。