食道内镜检查一般不痛苦，是否痛苦需要根据个人体质的敏感度而决定的，如果个人敏感度比较高的话，一般是不痛苦的。如果个人体质敏感度比较低的话，一般是比较痛苦的，因为食道内镜检查对身体伤害比较大的。检查结果出来以后一定要让主治医生查看，如果有疾病的话需要及时进行治疗，以免耽误病情。