两个月宝宝腹泻水样便很有可能是细菌或病毒感染引起的急性胃肠炎，也有可能是肠道功能紊乱导致的。可以带孩子到正规医院化验大便，在医生指导下服用抗感染和止泻药物进行治疗，同时服用益生菌调节肠道菌群。适当给孩子喝些温开水避免脱水。对腹部进行热敷也能缓解不适症状。