做肠镜检查时是否有痛苦，取决于患者所做的具体检查方式。肠镜检查也有普通肠镜检查和无痛肠镜检查，做普通肠镜检查的时候，患者是会有不舒服感觉的，主要会感觉到腹胀、疼痛、恶心、呕吐等症状。如果做无痛肠镜检查的话，检查的过程中一般是感觉不到明显不适症状的。