小孩空气灌肠的危害有肠道内菌群失调、过敏、肠粘膜损伤等。做空气灌肠时用药量过大，有可能会出现药物过敏会伴随着腹泻或者是呕吐等现象，频繁做空气灌肠，有可能会导致胃肠道黏膜损伤引起局部出血或者是腹部疼痛。孩子出现消化系统疾病，最好到大型医院进行超声波检查或大便常规检查来判断原因，可以针对性调整治疗方法。