治疗功能性消化不良的中成药比较多，需要根据个人的中医体质合理选择用药是该疾病治疗的关键。假如患者是脾胃气滞可以使用香砂六君子丸，逍遥丸。肝胃不和的患者可以使用柴胡疏肝散以及气滞胃痛颗粒，脾胃虚寒的患者可以选择附子理中丸，香山养胃丸。同时也需要患者调整个人的生活习惯，饮食结构。