胶囊胃镜的缺点分别有以下几点：1、当胃肠道蠕动较快的时候，胶囊胃镜拍摄到的照片会有所减少，这样便容易漏掉某些病变；2、胶囊胃镜一般只是能用于检查胃肠道的病变，但是并不能把存在病变的组织进行活检；3、当存在胃肠道狭窄的情况时，胶囊胃镜容易滞留在胃肠道里面，这时候是需要采用手术才可以把胶囊胃镜取出来的。