治疗结肠炎不存在最有效的药物，但是可以根据患者的临床表现以及疾病原因合理选择用药，促进疾病的缓解。假如患者是溃疡性结肠炎，并且持续的时间较长时，可能需要给患者使用水氨酸类的药物以及免疫抑制剂。部分症状较为严重并且出现，有生命危险时也可以使用糖皮质激素缓解症状。