主要是发病原因或者是症状不同。胃食管反流主要是指胃部或者是十二指肠的内容物流到食管引起的临床症状。胆汁反流性胃炎主要是十二指肠包括胆汁或者是胰腺，同时也包括胃黏膜炎症或者是出血。对于出现胃肠道疾病患者需要到当地正规医院做进一步确诊，根据检查结果做针对性治疗。