肠镜检查的时候是否痛苦，取决于患者所选择的具体检查方式。如果患者只是做普通的肠镜检查，在做肠镜检查的时候是有些不舒服的，有可能出现腹痛，腹胀和恶心呕吐的表现。如果患者选择做无痛肠镜检查，因为自身的一些感觉已经被麻醉作用抑制，所以在检查的过程中是没有明显不舒服感觉的。