灌肠后小腹疼痛可能是灌肠之后肠道菌群出现失调的情况造成的，也可能是患有结肠炎疾病引起的，如果患有肠梗塞疾病也会引起疼痛的症状。一般在灌肠排便之后，疼痛就会得到缓解，如果症状没有缓解，可以通过医院进行相关的检查确诊病情后，在医生指导下通过药物缓解疼痛情况。