慢性胃窦炎可以通过积极的使用药物治疗缓解症状，并且预防该疾病症状的反复发生，但是在使用药物治疗的过程当中，需要坚持使用药物治疗4~8周。部分患者可能使用的药物不敏感时，需要的治疗时间更长。在选择用药方面主要是选择胃肠黏膜保护剂以及根除幽门螺杆菌的药物，部分患者有可能需要使用抑制胃酸分泌的药物。