主要区别是检查的位置是不一样的，小肠镜检查通常是检查回肠部位，而肠镜检查主要是检查直肠或者是乙状结肠。同时检查的手法也是不一样的，小肠镜检查是通过胶囊进入内规镜检查，在吃完胶囊之后能够拍摄到小肠内的病变。肠镜检查是从肛门直接进入，然后检查的时候会有一些痛苦。