通常是有副作用的。因为甲状腺穿刺属于一种有创操作，可能会导致局部出现疼痛的情况，如果在做完甲状腺穿刺后，没有做好局部的清洁卫生工作，很有可能会导致局部出现感染的情况。甲状腺穿刺通常能够明确病情的性质，如果是良性的病变，通常不需要过于紧张，如果是恶性的疾病还需要及时的进行治疗，以免危及到生命健康。