小便时阴囊下方疼痛可能是尿道方面出现炎症，患有前列腺或者是尿道内有异物，也会在小便时阴囊部位疼痛。泌尿系统感染或者是睾丸方面出现炎症，也会在上厕所的时候出现抽筋状疼痛，要去做尿常规检查，在医生指导下服用消炎和杀菌类药物治疗。治疗期间还要多喝温开水，保证尿道通畅也能起到冲刷尿道效果。