进行骨髓移植手术容易出现一些早期的并发症，有可能会对泌尿系统，肝，肺和心脏部位产生一些影响。如果植入术失败，还有可能会出现重症感染，有可能会导致出现急性植物抗宿主病，还有可能会出现晚期并发症，这种情况多数会在移植后三个月左右的时间出现，比如继发性恶性肿瘤，慢性阻塞性肺疾病。