两厘米的胆结石是不会自动消失的。两厘米的胆结石已经比较大了，因为胆囊管的内径最宽处只有0.8厘米，所以结石是不会自行消失的。此外，若是患者没有出现身体其他的不适，可以进行保守治疗。但是由于患者已经出现肝区疼痛的症状，建议还是配合医生的方法进行治疗，以免延误病情。