主要的弊端是费用比较高，在手术过程中还会出现一定的风险，有可能会导致结石残留或者是出现复发等。输尿管镜取石手术也具有一定的优势，可以将输尿管内的结石快速排出，在治疗过程中不会对身体造成损伤，一般是不需要开刀的。在手术之前还会进行局部麻醉，可以减少身体的疼痛。