脑干软化灶是大脑组织坏死后，出现了液化，在坏死的组织部位出现了空腔，时间久了以后就会形成脑组织软化灶。简单的可以理解为脑组织损伤以及损伤后而形成的疤痕组织。导致脑干软化灶的病因主要包括脑梗死、脑出血以及脑部炎症和外伤引起的大脑损伤。一般来说病因不同，脑干软化灶的形态也大小不一。