结肠镜检查的时候是否有疼痛感，主要取决于检查的方式，而且也有个人对疼痛症状的敏感性有关。在麻醉下进行结肠镜检查的时候，一般没有明显的疼痛等不适症状；如果在清醒状态下进行结肠镜检查，患者有可能感觉到疼痛，发胀，恶心等表现，具体症状因人而异。