结肠镜检查的时候是否感觉痛苦，与选择的具体检查方法有关。如果患者进行的是普通肠镜检查，因为是在意识清醒的状态下进行的检查，检查的过程中有可能感觉到腹胀，疼痛，恶心，头晕等症状。如果患者选择在麻醉状态下进行检查，或者是进行纤维肠镜检查，一般都感觉不到明显的痛苦。