肛门镜和肛门指检，肯定是肛门镜检要更疼一点，因为肛门镜的粗度要比手指更粗。但是疼痛感也不会太明显，操作时动作要轻柔，可以在表面涂抹润滑剂。如果是存在肛裂，不管是进行肛门指检还是肛门镜检，都是比较疼的。必须做检查的话，可以注射局部麻醉药物，然后再进行操作。可以先做一个肛门指检，必要时可以再做肛门镜检查。