无痛肠镜的副作用较少，无痛肠镜通常需要打麻药，这样有可能会导致患者出现一些药物反应，如过敏、出血等。另外，肠镜也可能导致患者出现腹痛、腹胀以及肛口不适感等。大部分患者在做完无痛肠镜后，最常见的副作用就是腹胀、头晕以及乏力等，建议患者不多休息，并且由于应用过麻药的关系，尽量不要从事高空作业、开车等，以免发生危险。