无痛电子肛门镜检查通常情况下不会太痛苦，是在麻醉下进行。在做无痛电子肛门镜之前，会在静脉注射麻醉药物，使患者进入深度睡眠状态，因为是肛门检查进入的深度较浅大概在7公分左右，能够查看肛门直肠的情况，在手术过程中，患者不会有任何疼痛以及身体不适的症状。在手术后患者一定要做好局部的清洁。