长期大便不成形肚子隐隐作痛，有可能是因为肠道菌群紊乱导致的，可以通过服用双歧杆菌调理肠道。也有可能是因为肠胃炎导致的，可以在医生的指导下服用奥美拉唑或者是莫沙必利进行治疗。肠息肉或者是肠道有恶性的肿瘤，都会引起长期大便不成形肚子隐隐作痛的情况发生。