由于乳果糖在肠道内被分解为有机酸，会保留肠道内的水分，刺激肠道蠕动，进而促进排便，缓解便秘。所以在服用过量或者长期服用的情况下，会出现腹痛、腹泻、腹胀等消化道不良反应，特别是引起长期腹泻，会引起电解质紊乱。部分患者还会对乳果糖过敏，所以在服用后可出现皮疹、皮肤瘙痒等表现，甚至出现过敏性的休克等。