先天性肛门闭锁手术费用大概30000元到50000元左右。根据患者的病情程度不同和选择的医院不同，手术的费用也会有所差异，具体费用可到当地医院进行详细咨询。而且肛门闭锁手术分为微创手术和传统手术，价格也是不一样的。可以到正规医院做详细检查，根据患者的病情情况选择合适的手术方案。