婴儿大便里有真菌孢子一定要在医生的指导下，使用抗真菌的药物来进行治疗，出现了真菌孢子的可能会导致出现腹胀和腹泻的情况发生，有可能会导致出现手足癣或引起出现皮肤的疾病，而且一定要注意饮食的健康，最好是坚持母乳喂养，尽量注意营养的合理。