区别是科室不同和检查方式以及治疗方法不同，消化内科主要是检查胃肠道疾病，是通过胃镜检查来判断病情，可以选择服用药物来治疗。胃肠外科属于外科疾病，主要是以外科手术为主，一般通过CT扫描或者是超声波检查来判断病情程度来制定手术方案。出现消化系统疾病最好进行全面检查来判断病情，可以针对性选择科室。