肠系膜囊肿通常需要通过手术的方式治疗，手术前会进行局部麻醉，然后在皮肤上做一个小切口将囊肿切掉，手术后可以控制囊肿继续增大。肠系膜囊肿的患者生长位置可能会存在一定差异，生长位置不同治疗的手术方式也会存在区别，单发的囊肿通常会通过手术的方式直接切除，如果是恶性的需要扩大根治性切除。