被检查出来结肠扁平息肉，最好的办法就是在内镜下取病变部位的组织做病理活检。如果病理活检的检查结果为良性病变，症状比较明显的情况下，可以通过内镜将病变组织切除。如果病变的性质被检查出来是恶性的、或者是恶性的可能性比较大，就要按照恶性病变的原则进行手术治疗。