腘窝囊肿是由于关节腔内的炎症等导致的关节后腘窝处的囊肿，多不能自愈。对于体积比较小的腘窝囊肿，无明显的异常表现者，可以不用进行治疗。而体积较大者，或者出现疼痛感，影响膝关节活动者，可以考虑手术治疗，手术需要完整的切除包囊。对于存在关节内病变者，需要积极的治疗关节内的病变。