腘窝囊肿手术需要的时间不能确定的，但这个应该是小手术的，一般也就是一个小时左右的，治疗主要还是选择适合的方法和药物的。腘窝囊肿症状比较轻微的，可以不用治疗，如果症状比较严重，囊肿比较大，可以手术治疗的。