深蹲后膝盖疼一般情况下是能自愈的。深蹲后膝盖疼很有可能是膝盖处的肌肉和韧带损伤引起的，不排除是半月板损伤导致的。平时应多注意休息，不能再进行剧烈活动，也不要久站和长时间行走。对患处进行热敷和按摩能够有效缓解疼痛的症状。如果疼痛感加剧，可在医生指导下服用活血化瘀、消炎止痛的药物进行治疗。