手举起来后肩膀疼可能是由于外伤因素引起的，比如剧烈运动过后或者是长时间运动后导致肩膀有外伤，手举起来后拉扯肩膀肌肉产生疼痛。如果患有肩周炎，也会导致肩膀出现疼痛的现象。如果疼痛比较严重，可以到医院做一个详细的检查，根据检查结果，在医生的指导下进行治疗。同时要注意防寒保暖，避免过度劳累。