儿童头骨凹陷大多是先天发育不良的原因。可能是孕妇在怀孕期间营养缺乏所致，比如缺乏维生素D以及A，就会影响到对钙的吸收，导致颅骨发育不全，头骨就会呈现出凹陷的状态，也可能是在出生之后营养不良所致，在严重缺钙的情况下，头骨发育缓慢，从而表现出凹陷。