怀孕40天的时候做人工流产，为时还有点过早。做人工流产手术的合适时间是在42天到49天之间，不超过70天都可以做。40天的时候妊娠囊还比较小，容易造成流产失败或者是漏吸的可能。不过，如果做了超声检查的时候，妊娠囊的直径已经达到了1.0厘米及以上，那么在40天的时候就可以开始做人工流产手术。