巧克力囊肿一般会出现盆腔疼痛，而且患者会出现不同程度的痛感。这种疼痛会包括月经期间的痛经，或者是在同房之后出现的性交疼痛，也可能是肛门坠痛，这些都是巧克力囊肿比较常出现的症状之一。除此之外，还会对月经造成一定的影响，比如说是延长经期时间，或者是出现不规律的出血现象。