巧克力囊肿，病因不是很明确，它有可能与体内激素分泌水平改变有关，有时候与子宫内膜异位也有一定的关系，巧克力囊肿，一般情况下药物治疗没有什么作用。如果比较严重，应该采取手术的方法进行治疗。药物治疗一般可以口服止痛的药物。也可以找当地中医用中药调理一下。