自愈巴氏腺囊肿可能5~7天左右就能够消肿。如果是巴氏腺囊肿较大，经消炎后不能够消肿，只能采用剥除手术等进行治疗是比较好的。发生巴氏腺囊肿主要是由于腺管口堵塞，导致腺管内的分泌物不能排泄出来，因此就会在末端积聚成为囊肿，引起红肿，疼痛等症状的发生。